APPBIPA Jepang dibentuk tanggal 23 September 2017, sesudah melakukan workshop pengajaran Bahasa Indonesia di KBRI Tokyo. Workshop itu dihadiri oleh 32 peserta dan 29 di antaranya langsung menyetujui dibentuknya organisasi yang menghimpun pengajar dan pegiat bahasa Indonesia di Jepang.
Dari 26 suara anggota, juga telah disepakati untuk memilih Bapak Prof. Suyoto Atim dari Universitas Kajian Asing Kanda sebagai ketua afiliasi, dan Ibu Imelda Coutrier M.Ed. dari Universitas Waseda sebagai sekretaris.
Pada hari tersebut, Bapak Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Prof. Dr. Muhadjir Effendy, M.AP., Bapak Sesjen Didik Suhardi, Ibu Suharti Kabiro PKLN beserta rombongan berkenan hadir dan meresmikan pembentukan APPBIPA Cabang Jepang dengan penyerahan tumpeng kepada Prof. Dr. Mikihiro Moriyama mewakili para pengajar bahasa Indonesia dan penyerahan buku ajar BIPA kepada Prof. Dr. Kyoko Funada selaku ketua Himpunan Peneliti Indonesia Seluruh Jepang (HPISJ).
Dalam rapat pertama dan kedua, ditetapkan bahwa kepengurusan sebagai berikut:
Pengurus Inti /Harian 2017-2021:
Ketua : Suyoto
Wakil Ketua : Susilowati Yamano
Sekretaris : Imelda Coutrier Miyashita
Bendahara : Rosnaeni Sakata
Koordinator bidang :
Bidang 1: Pendidikan Profesi : Petrus Ari Santoso
Bidang 2: Penelitian dan Pengembangan : Kartika Handayani
Bidang 3: Kerjasama Rosnaeni Sakata & Sri Susilastini
Bidang 4: Publikasi dan Penerbitan Dyah Hapsari